刘恋
	职称/职务：副研究员
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	研究方向：计算生物学、模式识别、机器学习
	办公地点： 文津楼三段527

个人简介

刘恋，黑龙江人，副研究员，中共党员。2018.07到陕西师范大学8087金沙娱场城任教。于2012.4、2018.5分别在西安理工大学和西北工业大学获得工学硕士和博士学位，2018.07-2021.11在陕西师范大学计算机科学与技术博士后流动站工作。任中国自动化学会(CAA)智能健康与生物信息专委会首批委员(2020.12-)，中国人工智能学会(CAAI)生物信息与人工生命专委会委员(2023.06-)，CCF会员，CAAI会员，CAA会员，IEEE会员，ACM会员，中国生物工程学会(CSBT)会员。主持国家自然科学基金1项、省部级项目1项、中央高校基本科研业务费2项。研究方向：生物信息计算、人工智能、机器学习、深度学习、数据挖掘。

学术论文

[1]Lian Liu, Yumeng Zhou, Xiujuan Lei*. RMDGCN: Prediction of RNA Methylation and Disease Associations Based on Graph Convolutional Network with Attention Mechanism. PLoS Computational Biology, Dec. 2023, 19(12): e1011677

[2]Lian Liu, Bowen Song, Kunqi Chen, Yuxin Zhang, João Pedro de Magalhães, Daniel J Rigden, Xiujuan Lei*, Zhen Wei. WHISTLE server: A high-accuracy genomic coordinate-based machine learning platform for RNA modification prediction. Methods, Jul. 2022, 203: 378-382(入选2022 ESI高被引期刊论文列表，SCI，中科院大类三区，2022IF：4.647)

[3]Lian Liu, Bowen Song, Jiani Ma, Yi Song, Song-Yao Zhang, Yujiao Tang, Xiangyu Wu, Zhen Wei, Kunqi Chen, Jionglong Su, Rong Rong, Zhiliang Lu, João Pedro de Magalhães, Daniel J Rigden, Lin Zhang, Shao-Wu Zhang, Yufei Huang, Xiujuan Lei*, Hui Liu, Jia Meng. Bioinformatics approaches for deciphering the epitranscriptome: Recent progress and emerging topics. Computational and Structural Biotechnology Journal, Jun. 2020, 18: 1587-1604 (SCI, 中科院大类二区，2020IF：7.271)

[4]Lian Liu, Xiujuan Lei*, Zengqiang Fang, Yujiao Tang, Jia Meng, Zhen Wei. LITHOPHONE: Improving lncRNA Methylation Site Prediction Using an Ensemble Predictor. Frontiers in Genetics, May. 2020, 11:545 (SCI, 中科院大类二区，2020: 4.599)

[5]Lian Liu, Xiujuan Lei*, Jia Meng, Zhen Wei. WITMSG: Large-scale prediction of human intronic m6A RNA methylation sites from sequence and genomic features. Current Genomics, Jan. 2020, 21: 67-76(SCI, 中科院大类四区，2020IF：2.236)

[6]Lian Liu, Shao-Wu Zhang, Yufei Huang, Jia Meng. QNB: differential RNA methylation analysis for count-based small-sample sequencing data with a quad-negative binomial model. BMC Bioinformatics, Sep. 2017, 18: 387(SCI, 中科院大类三区，2017IF：2.213)

[7]Lian Liu, Shao-Wu Zhang, Fan Gao, Yixin Zhang, Yufei Huang, Runsheng Chen, Jia Meng. DRME: Count-based differential RNA methylation analysis at small sample size scenario. Analytical Biochemistry, Feb. 2016, 499: 15-23 (SCI, 中科院大类三区，2016IF：2.334)

[8]Lian Liu, Shao-Wu Zhang, Yu-Chen Zhang, Hui Liu, Lin Zhang, Runsheng Chen, Yufei Huang, Jia Meng. Decomposition of RNA methylome reveals co-methylation patterns induced by latent enzymatic regulators of the epitranscriptome. Molecular BioSystems, Jan. 2015, 11(1): 262-274 (SCI, 中科院大类三区，2015IF：2.829)

[9]Yajing Guo, Xiujuan Lei*, Lian Liu, Yi Pan. circ2CBA: prediction of circRNA-RBP binding sites combining deep learning and attention mechanism. Frontiers of Computer Science. Oct. 2023, 17: 175904 (CCF T1, SCI, 中科院大类二区，2022IF: 2.669)

[10]雷秀娟*，张文祥，刘恋．基于多数据融合的circRNA-疾病关联关系预测．中国科学·信息科学，May. 2021, 51(6): 927-939

主持（参与）的项目

[1]国家自然科学基金(青年项目，资助号：61902230)：基于MeRIP-Seq测序数据的RNA差异甲基化分析方法研究，2020.1-2022.12，主持

[2]博士后科学基金面上项目一等资助(资助号：2018M640949)：RNA差异甲基化分析方法研究，2018.11-2021.07，主持

[3]中央高校基本科研业务费一般项目(资助号：GK202103091)：基于深度学习的RNA甲基化与疾病关系研究，2021.1-2022.12，主持

[4]中央高校基本科研业务费一般项目(资助号：GK201903083)：基于RNA表达量估计的差异甲基化分析方法研究，2019.1-2020.12，主持

[5]国家自然科学基金(面上项目，资助号：62272288)：基于人工智能的药物分子结构研究及其在新冠肺炎药物发现中的应用，2023.1-2026.12，参与，2/6

[6]国家自然科学基金(面上项目，资助号：61972451)：基于计算方法的circRNA功能挖掘及其与复杂疾病的关系预测研究，2020.1-2023.12，参与

[7]中央高校科技领军团队培育项目(资助号：GK202302006)：基于人工智能的药物发现研究，2023.1-2025.12，参与，2/9

[8]中央高校基本科研业务费创新团队项目(资助号：GK201901010)：生物组学大数据挖掘与疾病靶点预测，2019.1-2021.12，参与

获奖

[1] 陕西师范大学第十二届青年教师教学基本功大赛优秀奖

[2] 陕西师范大学第五届教师实验教学创新技能大赛优秀奖

[3] 陕西师范大学第十四届青年教师教学基本功大赛优秀奖